Résumé : Les écoSystèmes aquatiques sont par nature des Systèmes hiérarchiques ouverts, tra-versés par des flux énergétiques qui les structurent. L’un de ces flux est le transport de masseporté par l’écoulement du fluide. Celui-ci est le vecteur essentiel des Systèmes d’interactionet en conséquence des formations émergentes qui structurent ces écoSystèmes. Pour suivrel’évolution de ces derniers, il est nécessaire d’observer et de représenter les organisations sedéveloppant sur plusieurs niveaux d’échelles. Nous présentons une simulation de l’écoulementdu fluide détectant dynamiquement des formations émergentes puis les gérant avec des procédésd’interaction entre les différents niveaux d’échelles.