Résumé : : Dans les systèmes multi-agents, l'une des préoccupations majeures consiste à coordonner les actions des agents, d'où la nécessité de communiquer et d'établir des protocoles de négociation. Nous proposons une méthodologie dans laquelle les conflits sont utilisés comme éléments de la résolution du problème dans la recherche d'une solution acceptable. Ici, nous ne nous intéressons pas seulement à la recherche d'une solution au problème, mais aussi à son explication. Le domaine d'application sur lequel nous travaillons (biologie moléculaire) nous fournit une théorie faible et incomplète à laquelle nous espérons apporter des connaissances nouvelles grâce aux explications. C'est l'une des raisons pour lesquelles nous préconisons l'utilisation des conflits pour diriger la recherche au sein d'un ensemble d'agents. Nous présentons le système multi-agents AMELIE (Architecture Multi-agents pour l'Explication et la Localisation des Introns-Exons) qui illustre les idées précédentes. Un prototype développé en Actalk est en cours d'implémentation.