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ASGART, un nouvel algorithme pour génomes complets

Fig.1. ASGART’s state automaton schema describing conditional transitions between states

Une étude comparative d’extraction, d’analyse et de visualisation des duplications pour des génomes complets, a été menée par des chercheur.e.s du laboratoire Anthropologie moléculaire et imagerie de synthèse (AMIS) et de l’IRIT, via un nouvel algorithme open source dénommé ASGART (A Segmental duplications Gathering And Refining Tool).

Cet algorithme est plus économe, tant en utilisation de processeur qu’en mémoire, ouvrant la voie à des études de génomique comparative ambitieuses et plus « vertes ».

Publication : Delehelle Franklin, Cussat-Blanc Sylvain, Alliot Jean-Marc, Luga Hervé and Balaresque Patricia (2018). ASGART : fast and parallel genome scale segmental duplications mapping. Bioinformatics, 1-7. DOI : 10.1093/bioinformatics/bty172.

Brève de l’Institut Ecologie et environnement